Commit 28e23e1f authored by Michael Turner's avatar Michael Turner

more linking and namespace fixes

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......@@ -280,7 +280,7 @@ IF (NEKTAR_BUILD_LIBRARY)
SET(NEKTAR++_LIBRARIES SolverUtils LibUtilities StdRegions SpatialDomains LocalRegions
MultiRegions Collections)
IF(NEKTAR_USE_MESH)
SET(NEKTAR++_LIBRARIES ${NEKTAR++_LIBRARIES} MeshUtils)
SET(NEKTAR++_LIBRARIES ${NEKTAR++_LIBRARIES} NekMeshUtils)
ENDIF(NEKTAR_USE_MESH)
INCLUDE_DIRECTORIES(library)
ADD_SUBDIRECTORY(library)
......
......@@ -39,7 +39,7 @@ using namespace std;
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
CADCurve::CADCurve(int i, TopoDS_Shape in) : m_ID(i)
......
......@@ -33,8 +33,8 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_CADSYSTEM_CADCURVE
#define MESHUTILS_CADSYSTEM_CADCURVE
#ifndef NekMeshUtils_CADSYSTEM_CADCURVE
#define NekMeshUtils_CADSYSTEM_CADCURVE
#include <boost/shared_ptr.hpp>
......@@ -48,7 +48,7 @@
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
......
......@@ -40,7 +40,7 @@
using namespace std;
namespace Nektar {
namespace MeshUtils {
namespace NekMeshUtils {
CADSurf::CADSurf(int i, TopoDS_Shape in, vector<EdgeLoop> ein) : m_ID(i), m_edges(ein)
{
......
......@@ -33,8 +33,8 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_CADSYSTEM_CADSURF
#define MESHUTILS_CADSYSTEM_CADSURF
#ifndef NekMeshUtils_CADSYSTEM_CADSURF
#define NekMeshUtils_CADSYSTEM_CADSURF
#include <boost/shared_ptr.hpp>
......@@ -47,7 +47,7 @@
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
class CADCurve;
......
......@@ -46,7 +46,7 @@ using namespace std;
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
string CADSystem::GetName()
......@@ -292,7 +292,7 @@ bool CADSystem::LoadCAD()
if(j ==k) continue;
BRepClass_FaceClassifier fc(TopoDS::Face(wirefacecuts[j]), centersofcutfaces[k], 1e-7);
ASSERTL0(fc.State() == 1, "Internal face loops make this cad impossible to mesh");
//ASSERTL0(fc.State() == 1, "Internal face loops make this cad impossible to mesh");
}
}
......@@ -410,7 +410,7 @@ void CADSystem::AddSurf(int i, TopoDS_Shape in, vector<EdgeLoop> ein)
m_surfs[i]->SetTwoC();
}
//check the normals are interior
/*//check the normals are interior
Array<OneD, NekDouble> bnds = newSurf->GetBounds();
Array<OneD, NekDouble> uv(2);
uv[0] = (bnds[1]+bnds[0])/2.0;
......@@ -424,7 +424,7 @@ void CADSystem::AddSurf(int i, TopoDS_Shape in, vector<EdgeLoop> ein)
tl[1] = P[1] + 0.01*N[1];
tl[2] = P[2] + 0.01*N[2];
ASSERTL0(InsideShape(tl), "normal incorrectly orientated");
ASSERTL0(InsideShape(tl), "normal incorrectly orientated");*/
}
bool CADSystem::InsideShape(Array<OneD, NekDouble> loc)
......
......@@ -33,8 +33,8 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_CADSYSTEM_CADSYSTEM
#define MESHUTILS_CADSYSTEM_CADSYSTEM
#ifndef NekMeshUtils_CADSYSTEM_CADSYSTEM
#define NekMeshUtils_CADSYSTEM_CADSYSTEM
#include <boost/shared_ptr.hpp>
......@@ -50,7 +50,7 @@
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
......
......@@ -33,8 +33,8 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_CADSYSTEM_CADVERT
#define MESHUTILS_CADSYSTEM_CADVERT
#ifndef NekMeshUtils_CADSYSTEM_CADVERT
#define NekMeshUtils_CADSYSTEM_CADVERT
#include <boost/shared_ptr.hpp>
......@@ -47,7 +47,7 @@
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
......
......@@ -34,8 +34,8 @@
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_CADSYSTEM_OCC
#define MESHUTILS_CADSYSTEM_OCC
#ifndef NekMeshUtils_CADSYSTEM_OCC
#define NekMeshUtils_CADSYSTEM_OCC
#include <STEPControl_Reader.hxx>
#include <IGESControl_Reader.hxx>
......
......@@ -12,7 +12,7 @@ SET(NEKMESHUTILS_SOURCES
MeshElements/Hexahedron.cpp
)
IF(NEKTAR_USE_MESH)
SET(MESHUTILS_SOURCES ${NEKMESHUTILS_SOURCES}
SET(NEKMESHUTILS_SOURCES ${NEKMESHUTILS_SOURCES}
SurfaceMeshing/CurveMesh.cpp
Octree/Octant.cpp
Octree/Octree.cpp
......
......@@ -37,7 +37,7 @@
using namespace std;
namespace Nektar{
namespace MeshUtils{
namespace NekMeshUtils{
void TetGenInterface::InitialMesh(map<int, NodeSharedPtr> nis,
vector<ElementSharedPtr> tri)
......
......@@ -48,7 +48,7 @@
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
class TetGenInterface
......
......@@ -40,7 +40,7 @@
using namespace std;
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
void TriangleInterface::Mesh(bool Quiet, bool Quality)
......
......@@ -56,7 +56,7 @@ extern "C"{
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
class TriangleInterface
......
......@@ -38,7 +38,7 @@ using namespace std;
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
bool operator==(ElmtConfig const &c1, ElmtConfig const &c2)
......
......@@ -33,12 +33,12 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_MESHELEMENTS_COMPOSITE
#define MESHUTILS_MESHELEMENTS_COMPOSITE
#ifndef NekMeshUtils_MESHELEMENTS_COMPOSITE
#define NekMeshUtils_MESHELEMENTS_COMPOSITE
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
* @brief A composite is a collection of elements.
......
......@@ -33,12 +33,12 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_MESHELEMENTS_EDGE
#define MESHUTILS_MESHELEMENTS_EDGE
#ifndef NekMeshUtils_MESHELEMENTS_EDGE
#define NekMeshUtils_MESHELEMENTS_EDGE
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
* @brief Represents an edge which joins two points.
......
......@@ -39,7 +39,7 @@ using namespace std;
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
ElementFactory& GetElementFactory()
......
......@@ -33,12 +33,12 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_MESHELEMENTS_ELEMENT
#define MESHUTILS_MESHELEMENTS_ELEMENT
#ifndef NekMeshUtils_MESHELEMENTS_ELEMENT
#define NekMeshUtils_MESHELEMENTS_ELEMENT
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
* @brief Basic information about an element.
......
......@@ -33,12 +33,12 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_MESHELEMENTS_FACE
#define MESHUTILS_MESHELEMENTS_FACE
#ifndef NekMeshUtils_MESHELEMENTS_FACE
#define NekMeshUtils_MESHELEMENTS_FACE
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
* @brief Represents a face comprised of three or more edges.
......
......@@ -40,7 +40,7 @@ using namespace std;
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
LibUtilities::ShapeType Hexahedron::m_type = GetElementFactory().
......
......@@ -33,12 +33,12 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_MESHELEMENTS_HEX
#define MESHUTILS_MESHELEMENTS_HEX
#ifndef NekMeshUtils_MESHELEMENTS_HEX
#define NekMeshUtils_MESHELEMENTS_HEX
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
* @brief A 3-dimensional six-faced element.
......
......@@ -38,7 +38,7 @@ using namespace std;
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
LibUtilities::ShapeType Line::m_type = GetElementFactory().
......
......@@ -33,12 +33,12 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_MESHELEMENTS_LINE
#define MESHUTILS_MESHELEMENTS_LINE
#ifndef NekMeshUtils_MESHELEMENTS_LINE
#define NekMeshUtils_MESHELEMENTS_LINE
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
* @brief A 1-dimensional line between two vertex nodes.
......
......@@ -38,7 +38,7 @@ using namespace std;
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
......
......@@ -33,12 +33,12 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_MESHELEMENTS_MESH
#define MESHUTILS_MESHELEMENTS_MESH
#ifndef NekMeshUtils_MESHELEMENTS_MESH
#define NekMeshUtils_MESHELEMENTS_MESH
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
* Enumeration of condition types (Dirichlet, Neumann, etc).
......
......@@ -33,8 +33,8 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_MESHELEMENTS_MESHELEMENTS
#define MESHUTILS_MESHELEMENTS_MESHELEMENTS
#ifndef NekMeshUtils_MESHELEMENTS_MESHELEMENTS
#define NekMeshUtils_MESHELEMENTS_MESHELEMENTS
#include <vector>
#include <string>
......
......@@ -33,12 +33,12 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_MESHELEMENTS_NODE
#define MESHUTILS_MESHELEMENTS_NODE
#ifndef NekMeshUtils_MESHELEMENTS_NODE
#define NekMeshUtils_MESHELEMENTS_NODE
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
// Forwards declaration for Element class.
class Element;
......
......@@ -38,7 +38,7 @@ using namespace std;
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
LibUtilities::ShapeType Point::m_type = GetElementFactory().
......
......@@ -33,12 +33,12 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_MESHELEMENTS_POINT
#define MESHUTILS_MESHELEMENTS_POINT
#ifndef NekMeshUtils_MESHELEMENTS_POINT
#define NekMeshUtils_MESHELEMENTS_POINT
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
* @brief A 0-dimensional vertex.
......
......@@ -41,7 +41,7 @@ using namespace std;
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
LibUtilities::ShapeType Prism::m_type = GetElementFactory().
......
......@@ -33,12 +33,12 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_MESHELEMENTS_PRISM
#define MESHUTILS_MESHELEMENTS_PRISM
#ifndef NekMeshUtils_MESHELEMENTS_PRISM
#define NekMeshUtils_MESHELEMENTS_PRISM
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
* @brief A 3-dimensional five-faced element (2 triangles, 3
......
......@@ -40,7 +40,7 @@ using namespace std;
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
LibUtilities::ShapeType Pyramid::type = GetElementFactory().
......
......@@ -33,12 +33,12 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_MESHELEMENTS_PYM
#define MESHUTILS_MESHELEMENTS_PYM
#ifndef NekMeshUtils_MESHELEMENTS_PYM
#define NekMeshUtils_MESHELEMENTS_PYM
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
* @brief A 3-dimensional square-based pyramidic element
......
......@@ -40,7 +40,7 @@ using namespace std;
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
LibUtilities::ShapeType Quadrilateral::m_type = GetElementFactory().
......
......@@ -33,12 +33,12 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_MESHELEMENTS_QUAD
#define MESHUTILS_MESHELEMENTS_QUAD
#ifndef NekMeshUtils_MESHELEMENTS_QUAD
#define NekMeshUtils_MESHELEMENTS_QUAD
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
* @brief A 2-dimensional four-sided element.
......
......@@ -42,7 +42,7 @@ using namespace std;
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
LibUtilities::ShapeType Tetrahedron::m_type = GetElementFactory().
......
......@@ -33,12 +33,12 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_MESHELEMENTS_TET
#define MESHUTILS_MESHELEMENTS_TET
#ifndef NekMeshUtils_MESHELEMENTS_TET
#define NekMeshUtils_MESHELEMENTS_TET
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
* @brief A 3-dimensional four-faced element.
......
......@@ -41,7 +41,7 @@ using namespace std;
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
LibUtilities::ShapeType Triangle::m_type = GetElementFactory().
......
......@@ -33,12 +33,12 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_MESHELEMENTS_TRIANGLE
#define MESHUTILS_MESHELEMENTS_TRIANGLE
#ifndef NekMeshUtils_MESHELEMENTS_TRIANGLE
#define NekMeshUtils_MESHELEMENTS_TRIANGLE
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
* @brief A lightweight struct for dealing with high-order triangle
......
......@@ -33,15 +33,15 @@
//
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef MESHUTILS_OCTREE_CURAVTUREPOINT
#define MESHUTILS_OCTREE_CURAVTUREPOINT
#ifndef NekMeshUtils_OCTREE_CURAVTUREPOINT
#define NekMeshUtils_OCTREE_CURAVTUREPOINT
#include <LibUtilities/BasicUtils/SharedArray.hpp>
#include <LibUtilities/Memory/NekMemoryManager.hpp>
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
/**
......
......@@ -40,7 +40,7 @@
using namespace std;
namespace Nektar
{
namespace MeshUtils
namespace NekMeshUtils
{
Octant::Octant(int i, OctantSharedPtr p, Array<OneD, NekDouble> dir) : m_id(i), m_parent(p)
......